Lajitietokeskuksen kaksiviikkoistiedote (kahden kuukauden ajalta)

29.01.2018 11:55 - Esko Piirainen (updated: 21.02.2018 09:40)
Lajitietokeskus tiedottaa kehitystyön etenemisestä yleensä noin parin viikon välein. Joulun aikaan emme julkaisseet tiedotteita, joten kerromme tässä tiedotteessa kaikesta vuodenvaihteen aikana tehdystä kehitystyöstä.

Tehtyjä asioita

Edellisten neljän kehitysjakson aikana (29.11.2017 - 23.1.2018) olemme tehneet seuraavia asioita. Vihko Vihkon paikannimien syöttämistä on parannettu. Aiemmin Vihkon retkilomakkeella oli vain yksi "Paikannimet" kenttä, johon olisi ollut tarkoitus kirjoittaa vain tarkempi paikannimi (koska kunta ym. tiedot tulkitaan koordinaateista). Nyt, kun kartalta valitaan paikka, Vihko hakee automaattisesti koordinaattien perusteella eliömaakunnat ja kunnat, joita piiretty alue koskettaa. Tämä toimii myös ulkomailla, tosin siellä ei tulkita eliömaakuntaa vaan hallinnollista maakuntaa. tiedote_2018_02_paikan_valinta - Paikannimien tulkinta Vihkossa Vihkoon on kehitetty ominaisuus, jonka avulla voi luoda tallennuspohjan massasyöttöä varten. Tallennuspohjan voi avata Excelillä (xlsx) tai muulla taulukointiohjelmalla. Käyttäjä voi valita kentät jotka haluaa mukaan tallennuspohjaan. Kun tallenuspohjaan on syöttänyt havaintojen tiedot, sen sisällön voi ladata Vihkoon. Vihko ilmoittaa sitten mahdollisista virheistä ja saattaa pyytää lisätietoja vaikkapa paikkaan liittyen. Tämä ominaisuus on saatu toimintakuntoon, mutta sitä ei julkaista ennen kuin kenttien nimiin ja muihin yksityiskohtiin liittyvät asiat on saatu viilattua kuntoon. Ensivaiheessa tiedostolataus tukee vain luettelomaista (flat) havaintojen tallennusta. Tulevaisuudessa kehitetään matriisimaisia pohjia, joissa voi ilmoittaa esimerkiksi yhdestä paikasta lajit eri päiviltä (lajit ovat rivejä ja päivät sarakkeita). Kerrallaan voi ladata tuhansia havaintoja, esimerkiksi kymmenen tuhatta havaintoa menee läpi hiukan vanhemmallakin tietokoneella ihan hyvin. tiedote_2018_02_tallennuspohja - Kehityksen alla oleva käyttöliittymä massatallennuslomakkeen luontiin tiedote_2018_02_tallennuspohja_excel - Massatallennuslomake avattuna Excelissä Vihkoon on lisätty runsaasti uusia kenttiä: keruumenetelmälle, biotooppille, luonnonvaraisuudella, koiraiden ja naaraiden yksilömäärille ja isäntälajille. Lisäksi on lisätty avainsana havaintoerälle, jota voi käyttää projektien ja tempausten tunnisteena. Pikkuviilauksia:
  • Lajinimen syöttö: Nimen syöttämistä on nopeutettu, nimiä voi rajata lajiryhmällä, "tuntematon nimi" varoituskolmion seliteteksti on helpompi saada näkyville.
  • Omien paikkoihin liittyvien toimintojen käytettävyyttä on parannettu.
  • Kartan käytettävyyttä on parannettu: Mm. muokattavan kohteen väri vaihdetaan, jotta on helpompi havaita mitä kuviota ollaan muokkaamassa ja kartta kysyy nyt vahvistuksen kun painaa "Poista kaikki kuviot" -nappia.
  • Havaintopaikan salaaminen 10km x 10km ruutuun ei enää salaa havainnon aikaa.
  • Käännöksiä ruotsiksi ja englanniksi on parannettu.
  • Retkilomakkeen tiivistetyssä havaintotaulukossa näytetään nyt tunnistamattomat lajinimet varoituskolmiolla.
  • Korjattu: Ympyrää käytettäessä kartta ei lomakkelle palatessa kohdistunut piirettyyn alueeseen.
  • Karttaan on lisätty Maanmittauslaitoksen ortokuva karttapohjaksi.
  • Valintalistoissa kerrallaan näkyvien valintojen määrää on kasvatettu.
  • Lisää havainto -napin toimintaa parannettu siten että uusi lisätty havainto tulee varmasti kunnolla näkyviin ruudulle.
  • Retkilomakkeelle on lisätty pikasyöttö, jossa voi yhdellä tekstikentällä kertoa useamman tiedon (tarkka syöttömuoto ehkä vielä muuttuu ja tästä pitää mahdollisesti tehdä lajiryhmäkohtainen).
Mainitut ominaisuudet ovat tulossa käyttöön 5.2. alkavalla viikolla. Massalatauksen kehitys jatkuu vielä siitä pidempään ja se julkaistaan toivottavasti noin kuukauden sisällä. Laji.fi portaali Havainnot -osion muutoksia:
  • Lajilla (taksonomisesti) rajatessa voi nyt syöttää useita taksoneita, esimerkiksi luettella useita lajeja tai ylempiä taksoneita.
  • Havaintoajan vaihtamisella ei ollut vaikutusta luettelon tuloksiin. Tämä on korjattu.
  • Kun haettiin sekä "muokkausoikeus" että "havaitsijana" haku ei toiminut oikein. Tämä on korjattu.
  • Korjattu Lajit -alalehden listausta alalajeihin liittyen.
tiedote_2018_02_lajirajaus - Rajaus usella taksonilla Talvilintulaskenta Teimme kovasti viimeistelyä talvilintulaskennan lomakkeelle. Kun teimme käytettävyysarvion ja katsoimme tilannetta ulkopuolisin silmin, tulimme siihen tulokseen ettei kokonaisuus ollut vielä sellainen, että nykyistä käynnissä olevaa tutkimusta olisi kannattanut häiritä tällä uudistuksella. Näin ollen saamme seuraavana talvena 2018/19 tip-top kunnossa olevan kokonaisuuden tulospalveluineen käyttöön niin, että kaikki aiematkin ilmoitukset ovat saman tien muokattavissa. Kuvapalvelu Kuvapalvelu siirettiin Joensuusta Itä-Suomen yliopiston (Digitarium) palvelimilta Kajaaniin CSC:n (Tieteen tietotekniikan keskus) pilvipalvelimille. Lisäksi on korjattu kuvien nimiin liittyvä ongelma, jos käytettiin merkkejä ?, # tai & ladattavan kuvan nimessä. Nyt kuvien nimiin sallitaan vain hyvin suppea joukko merkkejä ja muut korvataan alaviivalla. Lisäksi olemme korjanneet joitakin ongelmia Pinkka lajitunnistuspalvelussa lajikuviin liittyen. Uhanalaisuusarviointi Lajitietokeskuksen taksonomisen tietokannan yhteydessä olevaan uhanalaisuuarvioinnin välineeseen on ladattu sieltä vielä puuttuneita tietoja, mm puolet perhosten vuoden 2010 arvioinneista, vuoden 2000 arvioinneista perustiedot ja 2010 ja 2015 arviointeihin rajan takaa tulevasta täydennyksestä johtuen tehdyt luokan laskemiset. Myös pari bugia on korjattu. Käynnissä olevan uhanalasuusarvioinnin tuloksia (ja aiempien arviointejen tietoja ja vertailuja) voi aikanaan selailla Laji.fi -palvelussa. (Ei vielä työn alla.) Käyttäjätuki Olemme vaihtaneet järjestelmää jolla käsittelemme käyttäjäpalautetta ja tukipyyntöjä. Uusi järjestelmä on jo ehtinyt parantanut selvästi käyttäjätukemme nopeutta, koska koko tiimimme pääsee siihen helposti sisälle.

Nyt työn alla

Tällä hetkellä käynnissä olevassa jaksossa (24.1. - 6.2.) on työn alla seuraavia asioita. Lajitunnistuspalvelu Laji.fi portaalin tunnistuspalvelussa voi ehdottaa lajimääritystä valokuvallisille havainnoille. Lisäksi Vihkossa voi lähettää kuvia tunnistettavaksi retkilomakkeen avulla. Nyt on kehitetty erillinen yksinkertainen lomake yhden yksittäisen havainnon lähettämiseksi tunnistamista varten. Tätä lomaketta kutsutaan "Mikä laji?" lomakkeeksi. tiedote_2018_02_mikalaji - Yksinkertainen lomake jolla voi lähettää havaintokuvan tunnistettavaksi Tunnistuspaveluun on lisätty osio, jossa kerrotaan kuinka paljon lajitunnistuksia on tehty. Erillisellä laadunvalvonta -osiolla voi selata kaikkia tehtyjä laatumerkintöjä ja tunnistuksia. Kuvakaappauksen sivulle lisätään vielä mahdollisuus rajata laatumerkintöjä lajiryhmittäin ja ajallisesti. Kuvappaus on testidataa. tiedote_2018_02_tunnistuspalvelu - Laatumerkintöjen selailu ja aktiivisimpia tunnistajia (testidataa) Olemme lisänneet Laji.fi portaalin etusivulle osion, jossa näitä uusia ominaisuuksia mainostetaan. Nämä ominaisuudet tulevat käyttöön 5.2. alkavalla viikolla. Vihko Jatkamme lajiryhmän valintaan ja pikasyöttöön liittyvien ominaisuuksien parantamista. Työ massatalennuksen parissa jatkuu. Lisäksi työlistalla on paljon pieniä asioita, kuten havainnon tyypin muuttuminen automaattisesti arvoon "Valokuvattu" kun havaintoon lisätään kuva (paitsi jos se on jo aiemmin merkitty kokoelmanäytteeksi). Vieraslajiportaali Helsingin yliopiston tietojenkäsittelytieteen laitoksen opiskelijaryhmä on ryhtynyt toteuttamaan vieraslajit.fi uudistamista. Ryhmän opintoihin liittyvä ohjelmistotuotantoprojekti -kurssi kestää puoli vuotta ja sen aikana vieraslajiportaali uudistetaan käyttäen laji.fi portaalin tekniikoita. Samalla lisätään paljon uusia toivottuja ominaisuuksia, joita nykyisellä tekniikalla ei ole ollut mielekästä lähteä tekemään. Vieraslajiportaalin sisällön ylläpidosta vastaa Luonnonvarakeskus LUKE. Tietovarasto Pikku hiljaa muun työn lomassa olemme siirtämässä Lajitietokeskuksen havaintohaun taustalla pyörivää tietovarastoa yhdeltä palvelimelta kolmen palvelimen klusteriksi. Tämän pitäisi parantaa palveluvarmuutta ja suorituskykyä. Samalla tehdään muita suorituskykyyn liittyviä parannuksia. Tämä ei valmistune kuluvan kehitysjakson aikana. Maalintujen vakiolinjalaskenta Seuraava tutkimus, jonka lomaketta lähdetään kehittämään Vihkoon, on linjalaskennan lomake. Sitä onkin jo tehty viime vuoden puolella melko pitkälle, mutta viimeisteltävää riittää. Tavoite on saada lomake testikäyttöön maaliskuun puolivälissä. Tässä kehitysjaksossa keskitymme vanhan reittidatan pilkkomiseen kartalla näytettäviksi ja muokattaviksi. Taksonomiaeditori Uudistamme synonyymien käsittelyn työkalussa, jolla ylläpidetään Lajitietokeskuksen taksonomiaa.