Laji.fi | Suomen Lajitietokeskus

Tiedotteet

Lajitietokeskuksen kehitystiedote

Julkaistu 4.5.2018 - 23:31. — Esko Piirainen Tiedote

Lajitietokeskus tiedottaa kehitystyön etenemisestä aika-ajoin.

Tässä tiedotteessa raportoimme kehitysjaksojen 14.-27.3., 28.3.-17.4 ja 18.4.-1.5. tuotoksista ja nyt työn alla (2.-15.5.) olevista asioista.

Tehtyjä asioita

Vihko

Vihko on Laji.fi sivustolta löytyvä havaintojärjestelmä, jota voi käyttää satunnaishavainnointiin ja jolla on mahdollista toteuttaa seurantatutkimuksia. Vihkon parissa on tehty seuraavia asioita:

  • Uutta havaintoriviä lisättäessä ruutu vierii nyt automaattisesti siten, että uusi havaintorivi ja edelliset havainnot näkyvät sopivalla tavalla näytöllä.
  • Koordinaattien tarkkuuden voi ilmoittaa (löytyy rattaan takaa) paikkatiedoissa.
  • Ennakoivan lajinimen syötön toimintaa on edelleen paranneltu monin osin sujuvamman syöttämisen mahdollistamiseksi. (Ja vielä on parannusehdotuksia toteuttamatta tähän liittyen.)
  • Vihkoon on suunniteltu lajiryhmäkohtaiset kentät linnuille ja lepakoille. (Kenttien lisäys on juuri nyt työn alla.)
  • Hyönteistietokannassa käytettyjä nimiä on lisätty synonyymeiksi Lajitietokeskuksen taksonomiaan, jotta havainnot saadaan yhdistettyä nykyisiin lajeihin.
  • Etusivun oleelliset asiat ladataan nyt ensin (lomakkeet) ja vähemmän tarvitut vasta sen jälkeen (omat uusimmat havaintoerät).
  • Vihkoon lisättyjen koiraiden ja naaraiden lukumääriin liittyvää käsittelyä on pyöritelty edes ja takaisin. Tällä hetkellä kyseisillä sarakkeilla ei ole mitään vaikutusta havaintojen hakuun, vaan ilmoitetut luvut ainoastaan näkyvät havaintoerien tarkastelunäkymässä. (Havaintoja ei enää jaeta useisiin eri havaintoihin: erässä vaiheessa koiraat, naaraat ja muut jaettiin omiksi havainnoikseen.)
  • Havaintojen lataaminen Excel-tiedostosta Vihkoon edistyy. Toiminnon suurimmat epäselvyydet on ratkaistu ja ensimmäinen versio toiminnosta alkaa olla valmis julkaistavaksi 7.-15. viikolla. Tämänkin jälkeen toimintoon jää vielä parannettavaa etenkin erilaisten sarakkeiden dokumennoinnin osalta, mutta toiminto on täysin käyttökelpoinen jo tällaisenaan. Julkaisun jälkeen keräämme palautetta ennen kuin jatkamme työkalun jatkokehitystä.
Laji.fi

Laji.fi portaalin Havainnot ja Lajit osion muutoksia:

  • Kun selattiin havaintoja käyttäen Suomen karttapohjia, Suomen alueen ulkopuolella olevat havaintojen näyttäminen sekoili. Tämä on nyt korjattu siten, että Suomen karttapohjan ollessa aktiivisena, kartalla ei näytetä kaukana Suomesta olevia havaintoja.
  • Havaintoerän tietojen tarkastelussa on lisätty määrittäjä -kenttä näkyville ja korjattu kasvualusta/substraatti näkymään taksonin koodin sijasta taksonin nimellä. Myös useita muita pikkuseikkoja on parannettu.
  • Uutisten teknistä varmuutta on parannettu: jos uutislähteet eivät vastaa, näytetään silti aina edelliset tiedossa olevat uutiset.
  • Kaikista lajikorteilla näytettävien kokoelmanäytteiden kuvista ei ollut pikkukuvaa ("thumbnail"), joten kuvat latasivat hyvin kauan. Tämä on nyt korjattu.
  • Lajikortin tunnistuskuville voi nyt määritellä "ykköskuvan". Näitä ole vielä kovinkaan kattavasti määritelty.
  • Havaintojen lataus tiedostoon: Suunnittelimme, kuinka tiedon ulostuontia lähdetään seuraavaksi kehittämään ja teimme käyttöliittymäluonnoksen. Tulossa on ns. "pikalataus", jonka avulla tietojen lataaja saa itselleen datan saman tien. (Ei tarvise odottaa sähköpostilla tulevaa latauslinkkiä.) Pikalataukset eivät saa viittauskelpoista tunnistetta. Pikalatauksessa lataaja valitsee Luettelot-välilehdellä haluamansa sarakkeet ja saa maksimissaan 10000 havaintoa ladattua itselleen. Pikalatauksen voi tehdä myös "omille havainnoille" (kun taas viittauskelpoista latausta, jonka kuka tahansa muu käyttäjä tahansa voi uudelleenladata, ei voi tehdä omille havannoille, koska omat havainnot tulisivat lataukseen salaamattomina). Latauksen voi tehdä tsv, csv, Excel tai odt formaateissa. Viittauskelpoiselle tiedostolataukselle voi tulevaisuudessa antaa lisäparametreja, mm. lataaja voi valita haluamansa sarakkeet ja tiedoston formaatin. Syntyneen tiedoston käytettävyyttä parannetaan lisäämällä sarakkeille kuvaavammat otsikot (kolme erilaista) ja lisäksi vielä apusivu, jossa on jokaisen kentän täsmällisempi kuvaus.
  • Lajit osioon ollaan tekemässä suuria muutoksia, joiden toteutus on noin puolivälissä. Tulossa on mahdollisuus selata lajiluetteloita haluamillansa rajauksilla (taksonomisesti, lajiryhmittäin, uhanalaisuuden mukaan jne.) ja valita haluamansa tietosarakkeet, esimerkiksi erilaiset nimet, tieto lajin asemasta (onko import). Rajausten ja valittujen sarakkeiden mukaiset tiedot voi sitten ladata tiedostoon.
  • Lajitietokeskuksen tietovarastossa ulkomaisten salattujen havaintojen karkeistuksessa ollut bugi on korjattu ja kyseiset havainnot on ladattu uudelleen.
Maalintujen linjalaskenta

Tämän tutkimuksen lomake on vihdoin saatu ulkopuolisten testaajien testattavaksi. Hurja joukko kaikenlaisia parannuksia on tehty (joita ei tässä kannata tarkemmin eritellä).

Kotka ja digitointi

Luomuksen Kaisaniemen kasvitieteelliseen museoon pystytetyn digitointilinjastolla digitoidut näytteiden tiedot ja kuvat siirtyvät nyt Kotka kokoelmahallintaan ja sitä kautta myös Lajitietokeskukseen. Esimerkiksi http://id.luomus.fi/C.601.

Kotkassa on otettu käyttöön "massaexport" jolla voi tuoda aiempaa suurempia datasettejä sisään. Puutarhojen elävien kokoelmien hallinta Kotkalla on alkanut.

Taksonomian ylläpito

Lajitietokeskuksen taksonomian ylläpitoon käytettävän työkalun käyttöliittymää uudistettiin perusteellisesti. Tavoitteena oli mm. parantaa työkalun ergonomiaa. Samalla lisättiin paljon uusia mahdollisuuksia, mm. mahdollisuus hallinnoida paremmin lajien splittauksia ja kuinka havainnot linkittyvät splittauksen jälkeen.

Uhanalaisuusarviointi

Uhanalaisuusarviointi on loppusuoralla. Arviointien tallennustyökaluun on tehty joukko pieniä viilauksia. Olemme aloittaneet kehittämään datan ulostuontia (lataus Exceliin jne) ja tilastointeihin tarvittavien ominaisuuksien suunnittelua. Tilastointeihin tarvitaan mm. kustomoitu lajiryhmäjaoittelu. Olemme ladanneet tietokantaamme myös aiempien vuosien arviointien tiedot ja globaalit uhanalaisuusluokat seuraavat pian perästä. Tätä varten on tehty runsaasti työtä silloisten ja nykyisten lajinimien yhdistämiseksi.

API-muutoksia

API-muutokset on dokumentoitu täällä. Mukana on muun muassa uutisten rajausta, taksonien tunnistuskuvien nopeampaa selailua, uusia synonyymityyppejä (ei vielä näytetä laji.fi portaalissa) ja seurantatutkimusten tulospalveluita varten mahdollisuus saada tiettyjä tunnuslukuja Lajitietokeskuksen tietovaraston suljetulta/salaamattomalta puolelta. API:n kuvaustekstit on käyty läpi ja korjailtu ja täsmennetty.

Koululaisten kokoelmakilpailu

Natura-lehti järjestää toista kertaa koululaisille kokoelmakilpailun. Olemme tehneet Vihkoon tätä varten uuden lomakkeen. Tulevan kesän aikana koululaiset keräävät tietyistä lajeista valokuvallisia havaintoja. Koululaisten opettajat arvioivat ja hyväksyvät kaikki tehdyt havainnot.

Nyt työn alla

Vihko kesäterään

Muutaman seuraavan kehitysjakson ajan pääpaino on Vihkon, havaintojen haun ja laadunvalvonnan toiminnan parantaminen. Monet pienet yksityiskohdat ovat jääneet suurempien ominaisuuksien jalkoihin ja näitä pieniä parannuksia tehdään nyt urakalla. Tulossa on muun muassa seuraavaa:

  • Eliöryhmille on jo nyt Vihkossa mahdollista määritellä eliöryhmäkohtaiset oletuskentät, mutta tätä määrittelyä ei ole vielä tehty. Nyt tehdään.
  • Käyttäjät voivat antaa itselleen jatkossa tunnuksen luonnin yhteydessä ryhmän tai järjestön nimen tai vaikkapa nimimerkin, jolla saman nimiset käyttäjät on helpompi löytää Laji.fi "kaverihaussa". Näytettävä nimi voi sitten olla esimerkiksi "Tauno Tutkija (Luomus)" tai "Harri Harrastaja (hartsa)". Tällä ei ole vaikutusta havaintojen yhteydessä näytettävään nimeen. Vastaavan tiedon voi käydä täydentämässä jo olemassa oleviin tunnuksiin Laji.fi > Profiili > Käyttäjätilini.
  • Havaintojen kuviin voi jatkossa liittää kuvatekstin. (Samassa yhteydessä lisäsimmen mahdollisuuden asiantuntijoille kirjoittaa kuvaustekstejä lajien tunnistuskuville.)
  • Parannamme kuvien metatietojen näkyvyyttä, mm. siten että lisenssi on aina näkyvillä ja pääsy tietojen muokkausnäkymään tulee selkeämmäksi.
  • Havaintoerän tarkastelunäkymässä havainnon tyyppi, ilmoitettu lajinimi ja taksonomiatietokannasta tulevat lajinimet on eroteltu omiksi kentikseen, jotta epäselvien tapausten selvittely on mahdollista.
  • Lisäämme ohjeille oman osion ja keskitämme nyt hiukan hajallaan olevat ohjeet sinne. Lisäksi parannamme Vihkon eri sivuilla olevia ohjeistuksia.
  • Havainnon tyypiksi voi ilmoittaa jäljen.
  • Parannamme virheilmoitusta, joka näkyy käyttäjälle, kun käyttäjän nettiyhteydessä on ongelmia.
  • Havainnot -osion havaintoerän tarkastelunäkymiin tulee suora linkki muokkaamaan kyseistä havaintoerää Vihkossa.
  • Uudistamme Havainnot osion rajaukset ja lisäämme ohjetekstejä. Lisäämme lukuisia uusia rajauksia, mm. vuodenaika- ja henkilönimirajaukset.
  • Parannamme Laatumerkintöjen tekemistä siltä osin, ettei ristiriitaisia merkintöjä ole mahdollista tehdä. (Voi tehdä joko arvion luotettavuudesta TAI ehdottaa uutta määritystä). Lisäämme aina soveltuviin havaintoihin näkyville mahdollisuuden sanoa, ettei lajitason määritystä voi tehdä ("Ei voida määrittää"); Nyt tämä mahdollisuus on esillä vain jos havaintoon mennään "tunnistuspalvelun" kautta. Teemme laadunvalvonta -ikonista helpomman huomata ja varmistamme, että tehdyt kommentit ovat aina avoinna (nyt "neutraalit" kommentit ainakaan eivät ole vaan jäävät helposti huomaamatta).
  • Laatumerkinnän tekijät saavat tulevaisuudessa ilmoituksen, jos muut henkilöt kommentoivat samaa havaintoerää.
  • Havainnot osiossa kuvia selatessa enemmän tietoa näkyviin, mm: paikka, aika, onko havainnoija varma määrityksestä, onko havainto luotettava/epäluotettava, yms.
  • Liitetään havainto sukuun, jos lajinimeä ei löydy mutta suvun nimi löytyy - ja lajiin, jos alalajia ei tunneta, mutta laji tunnetaan.
  • Näppäinpikatoimintojen ohje laitetaan paremmin näkyviin.
  • Vihkon tallennukseen yhteyteen tulevat mahdollisuudet "Tallenna ja avaa tyhjä lomake" ja "Tallenna ja avaa lomake samoilla paikkatiedoilla"
  • Ja 65 muuta erisuuruista parannusta! ....
Hatikan datan Vihkoon

Hatikoiden (vanhan ja uuden) havaintoja ollaan siirtämässä Vihkoon muokattavaksi. Tämä työ on hyvällä mallilla vanhan Hatikan osalta ja seuraavaksi siirrymme työskentelemään uuden Hatikan tietojen parissa. Uuden Hatikan tietojen siirto on hiukan mutkikkaampaa, koska uuden Hatikan havainnoissa on kuvia ja mahdollisuus piirtää kartalle alueita.

Laadunvalvonta

Tulevalla viikolla pidetään lajiasiantuntijoiden välinen kokous laadunvalvonnan periaatteista. Lähdemme sitten muokkaamaan periaatteita täsmälliseksi (ohjelmallisesti toteutettavissa oleviksi) säännöiksi. Tutkimme nykyisiä laadunvalvonnan avulla tehtyjä merkintöjä ja etsimme outouksia, ja varmistamme, että uusilla säännöillä tilanteet hoituvat toivotusti. Avaamme periaatteet ja säännöt avoimelle keskustelulle Laji-foorumilla. Siellä onkin jo jonkin verran keskustelua erinäisistä tapauksista, joissa nykyinen ensimmäinen versio laadunvalvonnan logiikasta jättää parantamisen varaa.

Photos: Ant: Wikimedia User Sandstein CC-BY, Owls: Wikimedia Bent Christensen CC-BY-3.0, Deer: Lynette Schimming Flickr: EOL Images CC-BY-NC-SA-2.0

suomeksi suomeksi på svenska på svenska in English in English

Tervetuloa Suomen Lajitietokeskus -portaalin VANHAAN avoimeen testiympäristöön!

Siirry tästä Suomen Lajitietokeskuksen Laji.fi-palvelun uusimpaan versioon:

laji.fi

Jos haluat käyttää palvelun vanhaa versiota, sulje tämä ikkuna.

Testipalvelu