Laji.fi | Suomen Lajitietokeskus

Tiedotteet

Lajitietokeskuksen kehitystiedote 10/2019

Julkaistu 11.10.2019 - 16:56. Päivitetty 18.10.2019 - 11:55. — Mikko Heikkinen Tiedote

Luonnontieteellinen keskusmuseo Luomus kehittää ja ylläpitää Suomen Lajitietokeskuksen palveluja. Rakennamme työkaluja tutkijoille, viranomaisille, luontoharrastajille sekä suurelle yleisölle ja opetuksen tarpeisiin. Tässä yhteenveto edellisen tiedotteen (23.8.2019) jälkeen tehdyistä uudistuksista ja saatavilla olevista uusista tietoaineistoista.

Laji.fi

Havaintoja voi hakea taksoninimen osilla (ns. wildcard-haku) kirjoittamalla lajinimen perään asteriskin, esim Alpha*

Tämä haku hakee tallentajan käyttämästä nimestä, vaikka nimi ei löytyisi Lajietokeskuksen taksonimisesta tietokannasta. (On syytä huomata, että hakemalla puhtaalla nimellä hakuosumiin eivät tule muilla taksonikäsitteeseen liitetyillä nimillä ilmoitetut havainnot. Esimerkiksi jos hakee suvun tieteellisellä nimellä (Parus *), jäävät suomenkielisellä nimellä tallennetut havainnot ja tieteellisillä synonyymeillä (suku vaihtunut) tallennetut havainnot kokonaan puuttumaan.)

Muutamat ovat kyselleet miten havaintohaun tehtyään pääsee käsiksi lajiluetteloon. Kokonaisen lajiluettelon voi ladata Lataa tiedostona -välilehdeltä, kunhan luettelo sisältää enintään 1000 lajia. Luettelossa on mukana suomenkielinen nimi, tieteellinen nimi ja havaintomäärä. Esimerkki: kovakuoriaiset Kauniaisista.

Vihko-havaintojärjestelmä

Vihkoon lisättiin näyte-etikettien suunnittelu- ja tulostussovellus. Tämän avulla voi itse suunnitella erilaisia omiin tarpeisiin sopivia etikettejä, ja sitten tulostaa etiketit Vihkoon tallennetuille havainnoille ja näytteille. Sama sovellus on käytössä myös museoiden kokoelmeinhallintajärjestelmä Kotkassa.

Etikettejä pääsee tekemään Omat havaintoeräni -sivulta. 1) Suodata näkyville ne erät, joille haluat tehdä etiketit (esim. vuoden ja paikannimen mukaan), 2) klikkaa Valitse etiketöitävät -nappia, 3) valitse haluamasi erät ja 4) klikkaa Tee etiketit -nappia. 

Myöhemmin parannamme tapaa, jolla voi valita mille näytteille etiketit tulostetaan.

Ohjeita etikettien tekemiseen

Avainsanoilla hakua on nopeutettu. Vihkon havaintoeriin ja yksittäisiin havaintoihin voi lisätä vapaamuotoisia avainsanoja kenttään "Avainsanat". Avainsanoja voi käyttää itselle sopivalla tavalla (ja keksiä uusia tarpeen mukaan).

Lisäksi avainsanahaulla löytää "Muut-tunnisteet"-kenttään lisätyt tunnisteet. Tähän kenttään voi lisätä esim. omien kokoelmanäytteiden tunnisteet.

"Muut tunnisteet"- ja "Avainsana"-kentät saa näkyville havaintoreiveille Valitse lisää kenttiä -ratasikonin takaa.

Kuvien lisäämistä Vihkon havaintoihin on parannettu: nyt kuvien latautumista ei enää tarvitse odotella, vaan kuvat latautuvat Vihkoon itsekseen, ja samalla voit jatkaa havaintojen tai uusien kuvien lisäämistä. Tämä nopeuttaa kuvien lisäämistä retki- ja sieniatlaslomakkeelle huomattavasti.

(Retki- ja sieniatlaslomaketta mobiililaitteella käytettäessä logiikka on hieman toisenlainen: jokainen kuva avautuu suureksi kuvatietojen täyttämistä varten. Kuvatoiminnallisuuden parantelua mobiililaitteisiin jatketaan.)

Mobiililomake toimii myös sujuvammin kun kuvan latautumista ei tarvitse odotella. Mobiilolomake myös ottaa sijainnin ja päivämäärän kuvatiedostosta, jolloin niitä ei tarvitse itse valita.

Jos haluat muuttaa kuvaajan nimen tai käyttöoikeuslisenssin, avaa kukin kuva erikseen tehdäksesi tämän. Kun tallennat tiedot, Vihko käyttää niitä oletusasetuksina seuraavilla kuville. (Tähän liittyvä bugi korjattiin muutama viikko sitten, sitä ennen oletuslisenssiasetus saattoi joskus muuttua.)

Seuranta- ja tutkimushankkeet

Syksyn ja talven aikana ei yleensä käynnisty uusia seurantahankkeita, mutta olemme työskennelleet erilaisten seurantahankkeiden suunnittelun parissa. Useita vanhoja Luomuksen ja muiden organisaatioiden järjestelmiä ollaan ensi vuonna korvaamassa Vihko-järjestelmällä. Samalla päästään eroon tarpeesta lähettää havaintoja paperilomakkeilla ja Excel-taulukoina.

Luokiolaiset lepakkotutkijoina -hankkessa Vihkoon kirjattiin pohjan- ja pikkulepakoista automaattisesti tehtyjä havaintoja. Kesän aikana öisin toimivat automaattiset Audiomoth-äänityslaitteet ovat tallentaneet lepakoiden ääniä eri puolilla Suomea ja nyt äänitteet analysoitiin automaattisen sovelluksen (Wildlife Acoustics Kaleidoscope) avulla. Lepakkotutkijat ovat tarkistaneet määritykset. Havainnot on väliaikaisesti karkeistettu tutkimuskarenssin johdosta. Hanke jatkuu tekoälysovelluksen kehittämisellä (ks. alempana).

Havainto- ja kokoelma-aineistot

Lajitietokeskuksen tietovarastoon on lisätty uusia havainto- ja kokoelma-aineistoja syyskuun alun jälkeen yli 325.000 kpl. Uusia havaintoja voi tarkkailla käyttämällä Tallennusaika-hakusuodinta

Merkittävimpiä uusia aineistoja syyskuun alusta alkaen:

Museokokoelmien digitointi on pitkä prosessi, joten aineistoa tulee saataville jatkuvasti lisää.

Teemme myös jatkuvasti taustatyötä muiden suomalaisten lajihavaintoja hallinnoivien oraganisaatioiden kanssa, jotta niiden kokoamia havaintotietoja saadaan avoimemmin käytettäväksi. Yhteistyötä tehdään mm. Suomen ympäristökeskuksen (SYKE), Luonnonvarakeskuksen (Luke) ja Metsähallituksen kanssa.

Taksonomia

Suomen eliölajien lajiluetteloa päivitetään. Työ jatkuu tämän vuoden loppuun saakka. Vuoden 2020 alussa julkaistaan uusi vuosiversio.

Tekninen dokumentaatio

Olemme laajentaneet ja päivittäneet teknistä dokumentaatiota. Samassa yhteydessä kaikki dokumentaatio käännettiin englanniksi (oli alunperin ainoastaan suomeksi).

Api.laji.fi-rajapinnassa /datawarehouse rajapintaan on lisätty vastausten esimerkkivastausten tietomallit täydellisenä.

Katso myös API:n muutosloki.

Työn alla

Tällä hetkellä työskentelemme etenkin seuraavien aihepiirien parissa:

  • Havaintojen (myös omien havaintojen) helpompi lataaminen tiedostoon Selaa havaintoja -osion luettelosta (ns. kevytlataus). Tiedot saa joko Excel-, Open Office- tai TSV (tekstitiedosto) -muodoissa.
  • Preparaateille/kudosnäytteille tehdään oma teemasivusto, jossa voi selata Luonnontieteellisen keskusmuseon Luomuksen genomikokoelmien näytteitä. Tämä on suunnattu ensi sijassa tutkijoille, jotka haluavat tilata näytteitään Luomukselta omaa tutkimustyötään varten.
  • Uuden annotaatioijärjestelmän kehittäminen jatkuu. Tämän avulla havaintoihin voidaan liittää nykyistä monipuolisemmin kommentteja, laatuluokituksia ja muita merkintöjä. Uusi järjestelmä on suunniteltu, suuri osa taustajärjestelmistä toteutettu ja tällä hetkellä kehitetään uutta laji.fi käyttöliittymää kommenttien ym. tekemiseen.
  • Dokumentaatio: Laji.fi:n ja datan jakamisen dokumentointi sekä Vihkon käyttöohjeiden parannus.
  • Laji.fi:n ja Vihkon käyttöliittymän ja ulkoasun uudistuksia jatketaan.
  • Kehitämme tekoälysovellusta, joka tunnistaa automaattisesti lepakkolajeja äänitteistä. Tätä tehdään osana Lajitietokeskuksen saamaa FIRI-tutkimusrahoitusta ja osana "Lukiolaiset lepakkotutkijoina" hanketta. Sovellus perustuu suomalaiseen Animal Sound Identifier -sovellukseen.
  • Kehitämme kirjastoa R-kielelle https://luomus.github.io/finbif/ , jonka avulla on helppo käyttää Lajitietokeskuksen API:n (ohjelmointirajapinta) tietoja R-analyyseissä.
  • Kotka -kokoelmajärjestelmään kehitämme Luomuksen kasvitieteellisen puutarhan siemenpankkiin ja siemenvaihtoon liittyviä toiminnallisuuksia.

Lajitietokeskuksessa tehtävät tietojärjestelmät ovat suurelta osin avointa lähdekoodia. Kehitystä voi seurata yksityiskohtaisella teknisellä tasolla Luomuksen ja Lajitietokeskuksen koodiarkistoissa. https://laji.fi/about/3127

Photos: Ant: Wikimedia User Sandstein CC-BY, Owls: Wikimedia Bent Christensen CC-BY-3.0, Deer: Lynette Schimming Flickr: EOL Images CC-BY-NC-SA-2.0

suomeksi suomeksi på svenska på svenska in English in English

Tervetuloa Suomen Lajitietokeskus -portaalin VANHAAN avoimeen testiympäristöön!

Siirry tästä Suomen Lajitietokeskuksen Laji.fi-palvelun uusimpaan versioon:

laji.fi

Jos haluat käyttää palvelun vanhaa versiota, sulje tämä ikkuna.

Testipalvelu