Luonnontieteellinen keskusmuseo Luomus kehittää ja ylläpitää Suomen Lajitietokeskuksen palveluja. Rakennamme työkaluja tutkijoille, viranomaisille, luontoharrastajille sekä suurelle yleisölle ja opetuksen tarpeisiin. Tässä yhteenveto edellisen tiedotteen (11.10.2019) jälkeen tehdyistä uudistuksista ja saatavilla olevista uusista tietoaineistoista.

Laji.fi

Laji.fi:ssa voit tutustua lajeihin ja niiden esiintymiseen sekä selata havaintoja suomalaisista lajitietokannoista.

Havaintoja saa nyt aiempaa helpommin haettua tiedostoksi, Excel-, OpenOffice tai tekstitaulukkomuotoon. Havaintohakusivun ylälaidassa on nappi, josta pääsee valitsemaan haluamansa lataustavan kolmesta eri vaihtoehdosta.

• Yksinkertaiseen taulukkoon voi hakea enintään 10.000 havaintoa kerrallaan ja valita haluamansa sarakkeet n. 40 sarakkeen joukosta.. Tällä voi hakea myös omia havaintoja.
• Suuremmat havaintomäärät ja enemmän tietokenttiä saa tekemällä viittauskelpoisen tiedostolatauksen.
• Sensitiivisiä lajitietoja voi pyytää käyttönsä tekemällä aineistopyynnön.

Lajihaun tulostaulukkoon voi valita ylempien taksonien (pääjakso...suku) nimet ja auktorit. Nämä tiedot ovat mukana myös ladattavassa tiedostossa.

Paransimme portaalin ulkoasua ja toimivuutta mobiililaitteissa. Tämä työ jatkuu edelleen, ja palaute toimivuudesta on tervetullutta (esim. osoitteeseen helpdesk(at)laji.fi).

Uudistimme tilastosivun lajiryhmäkaavion. Se näyttää nyt enemmän tuloksia, toimii paremmin mobiilissa sekä käyttää taksonomisia tasoja aiempien epämuodollisten lajiryhmien sijasta. 

Lisäksi muita pienempiä uudistuksia, mm.

• Muokkausaika-rajauksella voi hakea havaintoja, joita on muokattu tietyn päivän jälkeen. Esim. tänä vuonna lisätyt tai muokatut Vihkossa olevat havainnot.
• Hyönteiskuvapankin loput avoimilla käyttöoikeuksilla julkaistut lajikuvat ladattiin Laji.fi:hin lajikuviksi (n. 200 kpl). 
• Mahdollisuus kirjoittaa venäjänkielisiä lajikuvauksia taksonomiseen tietokantaan. (Tätä tarvitaan mm. Collaborative Data and Information Exchange Network for Managing Invasive Alien Species -projektissa, jossa Lajitietokeskus on mukana.)
• Teknisiä uudistuksia, joiden avulla portaali toimii aiempaa nopeammin (GraphQL) ja on paremmin Googlen ym. hakupalvelujen löydettävissä (server-side rendering)

Palveluita tutkijoille

Julkaisimme Luomuksen genomikokoelman DNA- ja kudosnäytteiden tiedot uudella teemasivulla. Teemasivu on suunnattu ensisijaisesti tutkijoille Suomessa ja ulkomailla ja sen sisältö on englanniksi. Sivulta tutkijat löytävät tarkat tiedot genomikokoelmaan kuuluvista DNA- ja kudosnäytteistä ja voivat tilata niitä käytettäväksi tieteellisessä tutkimuksessa. Näytetietoja voi selailla, hakea ja suodattaa erilaisin kriteerein, kuten DNA:n pitoisuuden ja puhtauden mukaan. Kaikkien preparaattien/kudosnäytteiden tiedot on nähtäväillä myös perushavaintohaussa.

Julkaisimme uuden version FinBIF:n R-paketista, jonka avulla tutkijat ja ohjelmoijat voivat helposti käyttää Lajitietokeskuksen julkista taksonomia- ja havaintodataa R-ohjelmointikielen avulla. Havaintodataa voi suodattaa taksonin, ajan, paikan ja muiden tietojen perusteella. Data on muotoiltu niin että sitä voi sujuvasti käyttää analyyseissä. Uuden version avulla dataa voi hakea satunnaisotannalla, mikä tekee tilastollisten analyysien tekemisestä helpompaa. Lisäsimme myös ohjeistusta.Kokoelmanäytteiden tiedot saa nyt koneluettavassa RDF/XML- ja JSON-muodossa niiden tunnisteiden avulla. Tämän avulla esim. kansainvälisessä Synthesys+ -hankkeessa kehitetään dataportaaleja, joiden kautta tutkijat pääsevät helpommin käsiksi eri maissa ja instituutioisa sijaisevaan lajitietoon "yhden luukun periaatteella". Esimerkki: https://id.luomus.fi/GL.749?format=RDFXML ja https://id.luomus.fi/GL.749?format=JSONLD

Vihko-havaintojärjestelmä

Vihko on havaintotietokanta, johon voit tallentaa luontohavaintojasi sekä osallistua seuranta- ja kansalaistiedehankkeisiin.

Vihkoon lisättiin viime syksynä näyte-etikettisovellus, jonka avulla voi itse suunnitella erilaisia omiin tarpeisiin sopivia etikettejä, ja sitten tulostaa etiketit Vihkoon tallennetuille näytteille. Olemme tehneet tähän useita pieniä parannuksia, mm.

• Mahdollisuus tulostaa etiketit vain näytteille (eikä havainnoille)
• Mahdollisuus tulostaa etiketit vain tietyn päivän jälkeen määritetyille näytteille - tämän avulla voi tehdä määritysetikettejä 
• Bugikorjauksia

Lisäksi teimme Vihkoon pienempiä uudistuksia, mm.

• Kuvien lisäämisprosessia muutettiin niin että se toimii paremmin mobiililaitteissa. Vihko ei enää kysy kuvaajatietoja jokaisen kuvan yhteydessä erikseen.
• Havainnolle lisättävän kuvan tyypiksi voi valita spektrogrammin. Spektrogrammikuvat ovat hyödyllisiä esim. lepakoiden määrittymisessä.
• Keruumenetelmä-kentässä on uusia arvoja hyönteisten keruutapojen kirjaamiseen (lantapyydys, runkoikkunapyydys, sukeltajahyönteispyydys, vesihyönteisten kuoriutumispyydys, vesiämpäri). Keruumenetelmä-kentän (kuten lähes kaikkien Vihkon kenttien) täyttäminen on vapaaehtoista, mutta tarkat tiedot tuovat lisäarvoa havaintotiedon käytölle.

Vihkoon ollaan tekemässä uusia ohjeita, joista tähän mennessä ilmestyneet:

• Havaintojen tallennus tiedostona
• Oman nimetyn paikan luominen, käyttäminen ja muuttaminen

Seuraavaksi jatketaan mm. aloittelijan ohjeilla sekä ohjesivujen ulkoasun parantamisella.

Talvilintulaskentoja varten Vihkoon tehtiin useita pienempiä parannuksia. Talvilintulaskentojen tulospalvelussa reittien havaintotaulukot voi ladata tiedostoon (esimerkki).

Kartoitus- ja seurantahankkeiden ylläpitäjät pääsevät nyt näkemään hankkeisiin osallistuneiden yhteystiedot, jotta he pääsevät tiedottamaan hankkeeseen liittyvistä asioista. Yhteystietoja ei käytetä muihin tarkoituksiin ja niitä käsitellään Lajitietokeskuksen tietosuojaselosteen mukaisesti. 

Kotka-kokoelmienhallintajärjestelmä

Kotka on järjestelmä kaikille Suomen luonnontieteellisille museoille ja kasvitieteellisille puutarhoille näyte- ja elävien kokoelmien hallintaan. Kotka on yksi Lajitietokeskuksen primäärijärjestelmistä ja sinne tallennetut näytteet näkyvät avoimena tietona Laji.fi:ssä.

Kotkaan tallennettujen näytteiden määrä ylitti miljoonan rajapyykin toukokuussa 2017. Nyt kaksi ja puoli vuotta myöhemmin on Kotkaan saatu tallennettua yli miljoona näytettä lisää: näytteiden määrä ylitti kaksi miljoonaa tammikuussa 2020. Jälkimmäinen miljoona sisältää luonnontieteellisiä näytteitä yli sadasta eri kokoelmasta Kotkan eri käyttäjäorganisaatioista. Määrältään näistä aineistoista ylivoimaisesti suurimmat ovat Luomuksen massadigitointilinjastoilla digitoidut aineistot. Putkilokasvien digitointilinjastolta on tänä reilun kahden vuoden aikana saatu Kotkaan dataa lähes 300 000 näytteestä ja hyönteisten digitointilinjastolta yli 200 000 näytteestä.

Luomuksen kasvien massadigitointilinjastolla digitoitu Rosa acicularis -näyte (Lisätiedot: https://id.luomus.fi/C.105829)

Euchoroma gigantea -lajin tyyppiyksilö Luomuksen kokoelmissa. (Lisätiedot: https://id.luomus.fi/GAC.24721)

Kotkaan on vuosien aikana paitsi tallennettu sellaisten näytteiden tietoja, joita ei ole vielä aiemmin luetteloitu tai digitoitu minnekään, myös siirretty näytedataa vanhoista kokoelmanhallintajärjestelmistä. Luomuksen vanhasta selkärankaisnäytteiden tietokannasta Selmasta on viime aikoina siirretty kymmenien tuhansien näytteiden tiedot Kotkaan. Myös Luomuksen kasvitieteelliset puutarhat ovat luopuneet vanhasta järjestelmästään Atlantiksesta ja kaikki data on siirretty Kotkaan. Luomuksen aineistojen jälkeen seuraavaksi suurimmat määrät dataa on Kotkaan kuluneen kahden ja puolen vuoden aikana tallennettu esimerkiksi Turun yliopiston ja Åbo Akademin hyönteiskokoelmista, Lapin maakuntamuseon kokoelmista ja Kuopion luonnontieteellisen museon perhoskokoelmista.

Uudet havainto- ja kokoelma-aineistot Laji.fi:ssa

Lajitietokeskuksen tietovarastoon on lisätty lokakuun alun jälkeen yli 1,4 miljoonaa havaintoa ja näytettä. Uusia tietoja voi tarkkailla käyttämällä Tallennusaika-hakusuodinta. 

Suurimpia uusia ja täydennettyjä aineistoja lokakuun alusta alkaen:

• Suomen ympäristökeskuksen POHJE-pohjaeläintietokanta, 646.000 havaintoa
• Venäläisestä Chronicle of Nature -fenologia-aineistosta (yhteistyössä Earthcape Oy:n kanssa) yli 300.000 havaintoa 
• Luomuksen putkilokasvikokoelmista 118.000 uutta havaintoa
• Luomuksen Itä-Fennoskandian perhoskokoelmasta 73.000 digitoitua näytettä, enimmäkseen 1970-80 -luvuilta
• Vihkoon on kirjattu 64.000 havaintoa, valtaosa hyönteisiä.
• Talvilintulaskennoista 24.000 havaintoa
• Luomuksen nisäkäskokoelmista 18.000 näytettä

Lisäksi teemme jatkuvasti taustatyötä muiden suomalaisten lajihavaintoja hallinnoivien laitosten (Suomen ympäristökeskuksen, Luonnonvarakeskuksen ja Metsähallituksen) kanssa, jotta niiden kokoamia havaintotietoja saadaan avoimemmin käytettäväksi.

Taksonomia

Suomen eliölajien luettelon vuosiversio 2019 julkaistiin 17.1. Luettelo on ladattavissa Laji.fi:sta.

Lue lisää erillisestä tiedotteesta.

Työn alla

Jatkamme Laji.fi-portaalin, Vihkon ja muiden palvelujen parantamista osa kerrallaan. Lähitulevaisuudessa työskentelemme etenkin seuraavien aihepiirien parissa:

• Vieraslajit.fi -portaalista julkaistaan kokonaan uudistettu versio. Tämä toimii nykyistä paljon paremmin mobiililaitteissa, ja sisältää uutta tietoa vieraslajeista.
• Äänitteiden liittäminen Vihkon havaintoihin.
• Uusien seurantaprojektien toteutus Vihkon avulla. Tulossa ovat mm. vesilintujen pistelaskenta sekä maatalousympäristön päiväperhosseuranta.
• Yksityskokoelmien digitointilomake Vihkoon. Tätä toteutetaan ICEDIG-hankkeen yhteydessä.
• Uuden laadunvalvontajärjestelmän (annotaatiojärjestelmän) kehittäminen. Tämän avulla havaintoihin voidaan liittää nykyistä monipuolisemmin kommentteja ja laatumerkintöjä. Nyt teemme taustajärjestelmiä, joilla erilaisten laatumerkintöjen lisääminen ja poistaminen muuttaa havaintojen laatuluokituksiin. 
• Dokumentaatio: Vihkon ja Kotkan käyttöohjeiden parannus.
• Olemme mukana projekteissa, joissa kehitetään työkaluja lepakoiden ja lintujen äänien automaattiseen tunnistamiseen tekoälyn avulla. 
• Kotka -kokoelmanhallintajärjestelmään kehitämme Luomuksen kasvititeteellisen puutarhan siemenvaihtoon liittyviä ominaisuuksia, parantelemme hakutoimintoja, siirrämme Luomuksen Kasvimuseon lainanhallinnan Kotkaan ja parantelemme samalla lainanhallinnan ominaisuuksia.
• Kasvitieteellisten puutarhojen elävien kokoelmien tietojen julkaisemiseksi on tekeillä erillinen teemasivu, joka on tarkoitettu niin suuren yleisön, harrastajien kuin tutkijoidenkin käyttöön.

Lajitietokeskuksessa tehtävät tietojärjestelmät ovat suurelta osin avointa lähdekoodia. Kehitystä voi seurata yksityiskohtaisella teknisellä tasolla Luomuksen ja Lajitietokeskuksen koodiarkistoissa.