Lajitietokeskuksen työn tukena toimii asiantuntijatyöryhmiä, joihin on pyydetty mukaan edustajia Lajitietokeskuksen yhteistyökumppaneista ja sidosryhmistä.  Työryhmistä viiden työ on käynnistynyt: Lajitieto, Kokonaisarkkitehtuuri, Kokoelmat ja digitointi, Havainnot, seurannat ja kartoitukset sekä Viranomaiset. Asiantuntijaryhmien kokoonpanot: Suomen Lajitietokeskuksen asiantuntijatyöryhmien kokoonpanot 2015