Laji.fi | Suomen Lajitietokeskus

Tiedotteet

Lajitietokeskuksen kaksiviikkoistiedote

Julkaistu 5.2.2016 - 8:43. Päivitetty 5.2.2016 - 9:38. — Eija-Leena Laiho Tekninen tiedote

Lajitietokeskus tiedottaa kehitystyön etenemisestä kaksiviikkoistiedottein. Jakson työlistaa voi kuka tahansa seurata "livenä" tässä osoitteessa. Työlista ei ehkä kuitenkaan ole kovin helposti ymmärrettävissä, joten näissä tiedotteissa pyrimme kuvaamaan tehtäviä selväkielisemmin.

Lajitieto

Vuoden 2015 lintujen ja nisäkkäiden uhanalaisuusarvioinnissa määritetyt lajien uhanalaisuusluokat on lisätty taksonitietokantaan ja ne näytetään Laji.fi -portaalissa lajikorteilla, esim. ripsisiippa. Samalla taksonomiarajapintoja ja portaalia muokattiin näyttämään aina tuorein uhanalaisuusluokka ja vuosiluku, jolloin arvio on tehty.

Suomen sahapistiäisten luettelo on tallennettu tietokantaan ja lisäksi myrkkypistäisten tietoja on täydennetty kirjallisuusviitteiden ja suomalaisuuden tilan osalta.

Seuraavaksi työn alla ovat hyppykiilupistiäisten (Encyrtidae), epelikiilupistiäisten (Aphelinidae) ja loikkakiilupistiäisten (Eupelmidae) heimojen vienti tietokantaan.

Taksonieditori

Lajitietokeskuksen taksonieditorilla voi nyt muokata lajikuvauksia ja lisätä lajikuvia. Kuvaukset ja kuvat näkyvät laji.fi -portaalissa ja ovat käytettävissä avoimena datana tulevaisuudessa julkaistavan taksonomiarajapinnan kautta.

lajikuvaukset

- Lajikuvauksen muokkaus taksonieditorissa

Kurtturuusu laji.fi -portaalissa

Kurtturuusu vieraslajit.fi -portaalissa

Kurtturuusu alustavassa taksonomiarajapinnassa

Sanastotyö

Lajitietokeskuksen datanhallinnassa käytetty sanasto eli FinBIF-ontologia on listattu osoitteessa schema.laji.fi. Sanasto sisältää kaikki luokat ja niiden muuttujat kuvattuna RDF-määritelmän mukaan ja se päivittyy automaattisesti kun uusia termejä otetaan käyttöön. Sanaston lähtökohtana on tällä hetkellä Kotka kokoelmanhallinnassa ja taksonomisessa tietokannassa käytettävä sanasto, mutta sitä kehitetään jatkuvasti Lajitietokeskus-projektin edetessä yhteistyökumppanien ja työryhmien ja tutkijoiden toiveiden perusteella. Osa näkyvästä sanastosta ei ole aktiivisessa käytössä. Etenkin havainto- ja kokoelmanäytteisiin liittyvä sanasto tulee muuttumaan paljon, kun siihen lisätään Lajitietokeskuksen havaintojärjestelmän tarvitsemat tiedot.

schema_classes

Tietovarasto

Tietovarastoon toteutettiin Simple Darwincore Recordsetin purkurutiini, jonka avulla Virtalan hyönteistietokannan ja Luken Itämeriportaalin ja nisäkässivuston vieraslajilomakkeiden havainnot saatiin purettua tietovarastoon. Kahta jälkimmäistä varten toteutettiin myös toisenlainen tiedonsiirtologiikka: "PULL".

Tiedon saamiseksi tietovarastoon on kaksi pääasiallista tapaa:

PUSH - Primäärijärjestelmä lähettää tietovaraston push-rajapintaan muuttuneet tiedot sitä mukaa kun muutoksia syntyy

PULL - Primäärijärjestelmä toteuttaa rajapinnan, josta tietovarasto käy aika-ajoin lukemassa muutoksia

Ensimmäisessä (push) vastuu siitä, että kaikki muutokset varmasti välitetään tietovarastoon on primäärijärjestelmällä. Toisessa (pull) tietovarasto vastaa siitä, että se lukee primäärijärjestelmän rajapinnasta kaikki muutokset.

Käytettiinpä sitten push tai pull -protokollaa, varsinainen data voi olla missä tahansa tuetuista formaateista, joita tällä hetkellä ovat schema.laji.fi -osoitteessakin näkyvän sanaston mukainen rdf+xml esitys, ABCD-schemaan perustuva FMNH2008 schema (joka poistuu aikanaan käytöstä), ja Simple Darwincore Recordset.

Seuraavaksi tuki lisätään Lajitietokeskuksen sanastoa mukailevalle JSON-LD-esitykselle, joka on rdf+xml -formaattia vastaava esitysmuoto. Laji-Store (eli Kotkan ja Lajitietokeskuksen tulevan havaintojärjestelmän dokumenttipohjainen tietokantaratkaisu) tulee olemaan tässä formaatissa.

Myös muita formaatteja varten toteutetaan tuki sitä mukaa, kun yhteistyökumppaneiden datoja aletaan otaa vastaan. Lajitietokeskus tulee tarjoamaan myös suosituksen datansiirtoformaatista.

laji-etl_2016_2

- Tietovaraston sisääntuontia valvovan järjestelmän testiversio hyrräämässä

Vieraslajit-portaali

Vieraslajit-portaaliin on lisätty sivunsisäinen Haku-toiminto, jolla voi hakea lajikortteja ja sivustolla julkaistuja uutisia.

vieraslajiportaali_haku

Photos: Ant: Wikimedia User Sandstein CC-BY, Owls: Wikimedia Bent Christensen CC-BY-3.0, Deer: Lynette Schimming Flickr: EOL Images CC-BY-NC-SA-2.0

suomeksi suomeksi på svenska på svenska in English in English

Tervetuloa Suomen Lajitietokeskus -portaalin VANHAAN avoimeen testiympäristöön!

Siirry tästä Suomen Lajitietokeskuksen Laji.fi-palvelun uusimpaan versioon:

laji.fi

Jos haluat käyttää palvelun vanhaa versiota, sulje tämä ikkuna.

Testipalvelu