Laji.fi | Suomen Lajitietokeskus

Tiedotteet

Lajitietokeskuksen kaksiviikkoistiedote

Julkaistu 18.4.2016 - 6:09. Päivitetty 18.4.2016 - 6:32. — Esko Piirainen Tekninen tiedote

Lajitietokeskus tiedottaa kehitystyön etenemisestä kaksiviikkoistiedottein. Jakson työlistaa voi kuka tahansa seurata "livenä" tässä osoitteessa. Työlista ei ehkä kuitenkaan ole kovin helposti ymmärrettävissä, joten näissä tiedotteissa pyrimme kuvaamaan tehtäviä selväkielisemmin.

Lajitieto

Heisimatojen (Eucestoda) lajiluettelo on ladattu taksonitietokantaan. Samalla ladattiin iso määrä lajien välisiä suhteita (eli minkä lajin loisia madot ovat). Nämä olivat ensimmäiset tietokantaan määritellyt lajien väliset suhteet. Myös muita kun loissuhteita voidaan mallintaa samalla tavalla. Suhteita ei vielä näe Laji.fi portaalista eikä niitä voi vielä muokata Taxon Editor -työkalulla. Näyttäminen ja muokkaus tulenevat työlistalle kuluvaa työjaksoa seuraavalla jaksolla, eli valmistuvat noin neljän viikon päästä.

Suhteiden mallinnuksen tietorakennetta voi ihastella osoitteessa http://schema.laji.fi/docs?class=MI.taxonInteraction. Esimerkki yhdestä määritellystä suhteesta (http://tun.fi/MI.82):

 

Luomuksen seurantatutkimuksien datojen avauksen periaatteet

Ensimmäisessä vaiheessa Luonnontieteellinen keskusmuseo Luomus avaa Laji.fi -portaalin kautta avoimena datana seuraavat seuranta-aineistot (suluissa karenssiaika):

  • Lintujen rengastus- ja rengaslöytötiedot (4v)
  • Ulkomailla rengastettujen lintujen haivannot Suomessa (0)
  • Pesäkorttitutkimus (4v)
  • Petolintujen pesätutkimukset (4v)
  • Talvilintulaskenta (0)
  • Ruokintapaikkaseuranta (0)
  • Sammakko ja matelijaseuranta (0)

 

Muut seuranta-aineistot eivät ole vielä sellaisessa tietojärjestelmässä, josta datojen avaaminen on mahdollista tai järkevää. Puuttuvat aineistot (esim lintujen linja-, piste- ja vesilintulaskenta) avataan heti kun Lajititietokeskuksen uusi ilmoitusjärjestelmä on käytössä ja aineistot on siirretty siihen.

Luomus varaa aineistopolitiikansa mukaisesti mahdollisuuden 0-4 vuoden karenssiin tutkimuskäyttöä varten. Karenssiaika tarkoittaa sitä, että karenssin ollessa voimassa avoimeen dataan tulee tiedoista karsittu ja karkeistettu versio ja karenssiajan päätyttyä tieto päivitetään tarkkaan ja karsimattomaan versioon. Kaikki mainitut aineistot jaetaan kuitenkin Lajitietokeskuksen viranomaistietovarastoon välittömästi tarkkojen tietojen kanssa ilman karenssiaikaa. Karenssiaika koskee siis vain kenen tahansa ladattavissa ja selailtavissa olevaa avointa dataa.

Tietoaineistot avataan Creative Commons Nimeä 4.0 Kansainvälinen (CC BY 4.0) -lisenssillä. Nyt avattavat uudet seuranta-aineistot tulevat näkyviin samassa yhteydessä kun uusi versio Lajitietokeskuksen tietovarastosta ja Laji.fi -portaalista otetaan käyttöön. Tämän pitäisi tapahtua tulevan kesän aikana.

Mainittujen seuranta-aineistojen lisäksi Luomus edelleen jatkaa niiden aineistojen jakamista, jotka jo nyt ovat Laji.fi -portaalissa selattavissa, eli Kotka-kokoelmanhallintajärjestelmän kokoelmatiedot ja havaintojärjestelmien Hatikka ja Löydös satunnaishavainnot (ym.). Näihin ei sovelleta karenssia.

Toistaiseksi seuranta-aineistoista jätetään kokonaan pois henkilötiedot. Seurantoihin osallistuvilta tullaan kysymyään suostumusta henkilötietojensa näyttämiseen, mutta tämä prosessi vie noin vuoden.

Lintujen renkaiden oikeat tunnisteet muutetaan satunnaismerkkijonoiksi. Satunnaismerkkijonon avulla on edelleen mahdollista seurata yksittäisen linnun liikkeitä yhdistämällä rengastus- ja havaintotiedot, eli satunnaistaminen ei vaikeuta rengastustietojen tutkimus- tai muuta käyttöä. Oikeaa rengasta (ml. lukurenkaiden merkit ja värit) ei kuitenkaan haluta julkaista, koska tämä mahdollistaisi "arvailun" kenttätoiminnassa. Rengastustoimisto haluaa jatkossakin, että nähdyistä renkaista ilmoitetaan se mitä oikeasti on nähty, eikä arvailla järjestelmistä löytyvän tiedon perusteella, mikä merkki epäselvä merkki saattaisi olla.

Tunnisteet

Edellisen kahden viikon jakson suurin yksittäinen tehtävä liittyi Lajitietokeskuksen resurssien (taksonien, muuttujien ym. perustietojen) HTTP-URI -tunnisteiden oletusnimiavaruuden muutokseen. Ennen esimerkiksi sudenkorennoilla (Odonata) oli tunniste http://id.luomus.fi/MX.1, mutta nyt se on organisaationeutraali http://tun.fi/MX.1 ja rdf+xml esityksenä http://tun.fi/MX.1?format=rdfxml.

Tämä muutos vaikutti kahteentoista käytössä olevaan tietojärjestelmään, joten yksinkertainen pieni muutos vei paljon aikaa.

Havainto- seuranta ja karoitusjärjestelmä

Lajitietokeskuksen tulevaa ilmoitusvälinettä varten kehitettiin prototyyppi komponentista, joka muuttaa yksittäisen lomakkeen kuvauksen ihmiskäytettäväksi webbilomakkeeksi. Tulevalla kehitysjaksolla tätä työtä jatketaan rikastamalla lomakkeiden ominaisuuksia.

Tietovarasto

Tietovaraston hakupalvelun toteutus on aloitettu ja jatkuu tulevan työjakson ajan. Hakupalvelusta tulee kaksi versiota: julkinen ja salattu. Julkiseen rajapintaan voi kuka tahansa tehdä kyselyjä, salattu rajapinta tarvitsee järjestelmäkohtaisen tunnistautumisen.

Avoimet rajapinnat

Päätimme muutamia viikkoja sitten avoimia rajapintoja koskevista periaatteista. Dokumentaatiota (ihmis- ja koneluettava) koskevien periaatteiden toteutus on pystytetty http://apitest.laji.fi -osoitteeseen. Apitestin juuresta löytyvä dokumentaatio kytkeytyy rajapintojen testipalveluihin ja sisältää testidataa. Varsinaiset rajapinnat tulevat olemaan api.laji.fi osoitteessa. Testipalvelussakin rajapintojen kuvaus on nyt vasta työn alla, eivätkä kaikki näkyvät rajapinnat vielä toimi tai ole dokumentoitu.

Rajapinnoista tulee lisäksi vielä oma osio Laji.fi -sivustolle, jossa kerrotaan vapaamuotoisemmin rajapintojen käyttötarkoituksista ja toimintaperiaatteista.

Photos: Ant: Wikimedia User Sandstein CC-BY, Owls: Wikimedia Bent Christensen CC-BY-3.0, Deer: Lynette Schimming Flickr: EOL Images CC-BY-NC-SA-2.0

suomeksi suomeksi på svenska på svenska in English in English

Tervetuloa Suomen Lajitietokeskus -portaalin VANHAAN avoimeen testiympäristöön!

Siirry tästä Suomen Lajitietokeskuksen Laji.fi-palvelun uusimpaan versioon:

laji.fi

Jos haluat käyttää palvelun vanhaa versiota, sulje tämä ikkuna.

Testipalvelu